密云生态商务区成立于2010年10月，位于密云城区南部，总体规划面积6.94平方公里。2011年5月，市政府审议通过《密云生态商务区概念性规划》，明确其发展与建设“要坚持一流标准，大力发展符合生态涵养发展区功能定位要求的高端生态商务产业，与城市核心区功能优势互补的高端服务业，吸引高端商务、休闲消费”，其定位是立足北京，面向国际，建设绿色低碳生态特色总部基地，打造首都乃至全国首屈一指的“山水商务、田园总部”。2013年6月，商务区被北京市商委授予首批北京市总部经济发展新区；2014年10月，被北京市规划委授予北京市绿色生态试点区。

2017年9月，北京市发改委将怀柔科学城规划用地从41.2平方公里调整到100.9平方公里，密云经济开发区B区32.5平方公里正式纳入怀柔科学城范围，被誉为“神来之笔”。中科院大气物理研究所地球系统数值模拟装置等五个项目入驻怀柔科学城密云地块。北京大学医学部、三甲级研究型医院、12年一贯制国际学校选址工作已经完成。

在紧邻怀柔科学城和京承高速15-1号出口的十里堡镇王各庄村，规划建设占地2000亩的生命与健康科学小镇，依托中科院动物研究所生命与健康创新研究院，构建具有国际竞争力的生物科技和信息技术深度融合的产业园。在西田各庄镇太子务原首钢石灰石矿区预留了2300余亩国有建设用地，建设科学城产业孵化基地。