密云供销合作社是在2005年年底，根据密办发【2005】59号文件精神，将北京市密云县物资总公司、北京陛连盛商贸公司、北京市密云工业品商贸公司、北京市密云县长城工业总公司、北京市密云县医药药材公司、北京市密云县供销合作联合社六家企业整合，整合后，2006年10月成立北京密云供销合作社。

2009年12月7日，根据密经发（2009）12号《关于将城建公司划转到县供销社管理的通知》，将北京云建城市建设工程有限公司划归北京密云供销合作社管理。

2013年10月，北京天成开元密云市场服务中心根据密国发（2013）6号《关于北京天成开元密云市场服务中心整建制划转的决定》由古玩城集团划归北京密云供销合作社管理。

2020年12月底，按照区委办区政府办关于《密云冶金矿山公司等四家区管国有企业改革重组实施方案》文件，京云天宇公司划归至渔阳旅游集团，其下属二级企业药材公司和天成开元市场服务中心一同划转。

改革后供销社现有下属企业3个、基层社2个，分别为北京云建城市建设工程有限公司、北京山林丰再生资源回收有限公司、北京燕赛商贸有限公司及北京密云冯家峪供销合作社、北京密云太师屯供销合作社。